Hệ thống tư pháp quân sự dựa trên ba luật quân sự giống nhau: Luật Lục quân Pakistan (1952), Luật Không quân Pakistan (1953), và Sắc lệnh Hải quân Pakistan (1961). Các luật được giám sát bởi các nhánh riêng biệt dưới sự giám sát chung của Bộ trưởng Quốc phòng. Quân đội có một hệ thống bốn cấp; không quân và hải quân, các hệ thống ba cấp. Những khác biệt ở các cấp độ khác nhau phản ánh hoặc trình độ của họ đã ở mức sĩ quan hay mới chỉ là binh sĩ và tính nghiêm khắc của sự trừng phạt có thể được áp dụng.

Các toà án dân sự không được nghi ngờ các phán quyết của toà án quân sự và double jeopardy bị ngăn cấm. Trong những trường hợp một nhân viên quân sự bị cáo buộc đã phạm một tội chống lại thường dân, chính phủ trung ương sẽ quyết định toà án quân sự hay toà án dân sự sẽ xét xử vụ việc. Các cựu binh sĩ đã nghỉ hưu bị buộc tội nghiêm trọng thực hiện khi đang còn trong quân đội bị truy tố bởi các toà án quân sự. Những toà án này có quyền đưa ra nhiều mức trừng phạt gồm cả tử hình. Mọi phán quyết phạt tù đều được thực hiện trong những nhà tù quân sự hay các doanh trại giam giữ.